Gagasan pendirian Rumah Sakit Mitra Masyarakat ini lahir dari kebutuhan pelayanan kesehatan masyarakat yang saat itu masih kurang memadai. Melalui kesepakatan empat pihak yaitu PT Freeport Indonesia (PTFI), Lembaga Pengembangan Masyarakat Irian Jaya (LPMI), Pemerintah Daerah Kabupaten Mimika, Keuskupan Jayapura. LPMI (saat ini LPMAK) sebagai pemilik rumah sakit, membangun rumah sakit menggunakan dana Freeport Fund For Irian Jaya Development (FFIJD); bekerja sama dengan Pemerintah Kabupaten Mimika, PT. Freeport Indonesia dan Keuskupan Jayapura. Melalui MoU tanggal 8 April 1999, para pihak sepakat untuk mendukung pendirian Rumah Sakit dengan perannya masing-masing.

Pembangunan Rumah Sakit Mitra Masyarakat dimulai dengan peletakan batu pertama pada 4 Februari 1999 selanjutnya Rumah Sakit Mitra Masyarakat mulai beroperasi Unit Rawat Jalan pada tanggal 20 Agustus 1999. Awal September 1999 menyusul Unit Gawat Darurat (UGD), dan bangsal perawatan yang diawali dengan rawat inap persalinan. Demikian, satu persatu bangsal perawatan diselesaikan sesuai dengan tahap penyelesaian pembangunan. Pada awal pendirian, mempunyai kapasitas 69 tempat tidur, yang secara bertahap ditambah sampai mencapai 81 tempat tidur di tahun 2004. Setelah dilakukan perluasan ruang perawatan anak, maka sejak 1 Oktober tahun 2004 kapasitas menjadi 101 tempat tidur. Tahun 2014 dan 2015 dilakukan perluasan ruang Perawatan Lukas dan pembangunan unit private wing yang terdiri dari Ruang Perawatan Maria (perawatan kelas VVIP dan VIP) dan ruang perawatan Yosep (perawatan kelas VIP, I, dan II), sehingga sejak Oktober 2015 jumlah tempat tidur menjadi 134 tempat tidur. Tahun 2017 dilakukan pembangunan ruang isolasi interna di ruang perawatan Theresia dengan kapasitas 4 tempat tidur isolasi. Tahun 2020 selesailah renovasi gedung kamar bedah lama menjadi Ruang Perawatan Clara, sehingga sejak 1 Januari 2020 total jumlah tempat tidur adalah 160 tempat tidur. Pada bulan April 2022 untuk menyesuaikan standar PPI maka tempat tidur dikurangi 4 menjadi 156 tempat tidur.

Rumah Sakit Mitra Masyarakat ditetapkan menjadi Rumah Sakit Umum Tipe C oleh Kementerian Kesehatan Republik Indonesia pada tanggal 21 Maret 2012, pernah menerima Penghargaan Paramakarya Dharmartha Husada (Prestasi dalam Manajemen Rumah Sakit dan Pelayanan Kesehatan kepada Masyarakat) pada Kongres XII PERSI pada tanggal 7 November 2012 di Jakarta.